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“Why join the navy, if you can be a pirate?” – 乔布斯
一、个人简介
王子桐,本科毕业于McMaster University健康科学专业,并于2024年在加州理工学院 (Caltech)获得系统生物学博士学位,辅修应用与计算数学,曾获Broad研究所 (Broad Institute) 颁发的施密特奖学金(Schmidt Fellowship)。博士期间与Matt Thomson合作,利用肿瘤影像数据开发预测癌症治疗的AI方法。他还曾在基因泰克(Genentech)担任ML研究员,与Romain Lopez和Aviv Regev合作,开发了一个用于高内涵CRISPR扰动筛选的对比学习框架。此外,他还在AI制药公司Recursion与Kian Kenyon-Dean和Oren Kraus合作,开发了优化大规模视觉模型效率的工具。将于2024年冬季作为Westlake Fellow加入西湖大学。
二、学术成果
我们的身体是一个繁忙的生态系统:免疫细胞时刻警惕着入侵者,成纤维细胞在受伤时迅速赶往伤口处促进愈合,而干细胞则根据环境信号在休眠与活跃状态之间灵活转换。随着能同时捕捉数百万细胞分子状态的高维数据越来越多,我们现在有了更好的工具来理解这些动态过程。我们实验室致力于构建数学模型来解释细胞在组织中的行为,开发算法预测细胞在体内的状态转换,利用这些预测模型设计干预策略,以便更高效地将疾病状态转变为健康状态, 并最终通过3D类器官和动物模型来验证我们的预测。
为了应对人体的复杂性,我们的研究跨越多种疾病和器官,并根据需要灵活运用分子生物学、物理学、化学和计算机科学等领域的工具。最近的项目包括:运用可解释性人工智能(explainable AI)识别驱动T细胞浸润的关键因素;将最优传输理论应用于多重组织成像,预测肿瘤转移的分子驱动因素;以及开发生成式DNA模型,用于设计能实现用户所需功能的全新质粒序列。
三、代表论文
(*Co-corresponding author)
1. Wang, Z. J.*, Farooq, A. S., Chen, Y. J., Bhargava, A., Xu, A. M., & Thomson, M.* (2024). Identifying perturbations that boost T-cell infiltration into tumors via counterfactual learning of their spatial proteomic profiles. Nature Biomedical Engineering, in press. https://doi.org/10.1101/2023.10.12.562107
2. Wang, Z.J., Lopez, R., Huetter, J-C., Kudo, T., Yao, H., Hanslovsky, P., Hoeckendorf, B., Mohan, R.R., Richmond, D. & Regev, A. (2024) Multi-ContrastiveVAE disentangles perturbation effects in single cell images from optical pooled screens. In ICLR 2024 Workshop on Machine Learning for Genomics Explorations.
3. Wang, Z. J.*, & Thomson, M.* (2022). Localization of signaling receptors maximizes cellular information acquisition in spatially structured natural environments. Cell Systems, 13(7), 530-546.e12. https://doi.org/10.1016/j.cels.2022.05.004
4. Joly-Smith, E., Wang, Z. J., & Hilfinger, A. (2021). Inferring gene regulation dynamics from static snapshots of gene expression variability. Physical Review. E, 104(4). https://doi.org/10.1103/physreve.104.044406
四、联系方式
电子邮箱:jerry@westlake.edu.cn
本实验室诚招博士后及科研助理,也可以联合指导博士生,如感兴趣,欢迎联系!