马丽佳博士

Lijia Ma, Ph. D.

功能基因组学与生物信息学实验室

联系

邮箱: malijia@westlake.edu.cn

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马丽佳博士

Lijia Ma, Ph. D.

功能基因组学与生物信息学实验室

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“愿对科学与真理永保好奇与敬畏之心,大胆假设、小心求证。”


个人简介

  马丽佳,2003年本科毕业于苏州大学医学部。2009年于中国科学院北京基因组研究所获得博士学位,研究方向基因组学与生物信息学,期间在华大基因负责多项大型基因组学研究项目。2009年8月至12月于中国科学院遗传与发育生物学研究所短期访问。2010年至2014年在芝加哥大学基因组学与系统生物学研究所进行博士后研究。2014年12月晋升为Staff Scientist,其后作为co-Principal Investigator承担美国国立卫生研究院ENCODE项目和modERN项目。2018年2月加入西湖大学生命科学学院任特聘研究员。


学术成果

  随着各类组学技术的快速发展,生命科学正逐步从传统的、以单点观察为主的学科,走向以产生和分析数字化组学信息(如基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组等)与功能实验验证相结合的学科。对具体生物学问题的研究也从关注单个突变、单个基因、单个蛋白逐步转向系统化研究。
  马丽佳博士长期从事系统生物学研究工作。以顺式调控元件(cis- elements)和反式作用因子(trans- regulator)等转录水平调控、以及mRNA修饰等转录后水平调控为切入点,结合功能基因组学实验与计算生物学方法,研究细胞表型与功能多样性的调控基础。实验室重点关注调控变化对胚胎发育、细胞分化、癌症进展等生理病理过程的影响,以及各级调控之间的相互作用(crosstalk)。同时,关注各类前沿实验技术(单细胞测序、CRISPR基因编辑、微流控技术在生物实验中的应用)和生物信息学分析方法的应用与开发。将“湿实验”与“干实验”相结合,“科学探索”与“技术开发”相结合。
  Google Scholar: https://goo.gl/hzbD99


代表论文


通讯作者和共同通讯作者论文(#共同通讯)

1. Chen, H., Z. Lu and L. Ma (2024). "A top variant identification pipeline for protein engineering." Cell Syst 15(2): 105-106.

2. Li, J., P. Wu, Z. Cao, G. Huang, Z. Lu, J. Yan, H. Zhang, Y. Zhou, R. Liu, H. Chen, L. Ma# and M. Luo# (2024). "Machine learning-based prediction models to guide the selection of Cas9 variants for efficient gene editing." Cell Rep 43(2): 113765.

3. Zhang, H., J. Yan, Z. Lu, Y. Zhou, Q. Zhang, T. Cui, Y. Li, H. Chen and L. Ma (2023). "Deep sampling of gRNA in the human genome and deep-learning-informed prediction of gRNA activities." Cell Discov 9(1): 48.

4. Yu, Z., Z. Lu, J. Li, Y. Wang, P. Wu, Y. Li, Y. Zhou, B. Li, H. Zhang, Y. Liu and L. Ma (2022). "PEAC-seq adopts Prime Editor to detect CRISPR off-target and DNA translocation." Nat Commun 13(1): 7545.

5. Lu, Z., K. Ni, Y. Wang, Y. Zhou, Y. Li, J. Yan, Q. Song, M. Liu, Y. Xu, Z. Yu, T. Guo and L. Ma (2022). "An in-library ligation strategy and its application in CRISPR/Cas9 screening of high-order gRNA combinations." Nucleic Acids Res 50(11): 6575-6586.

6. Song, Q., K. Ni, M. Liu, Y. Li, L. Wang, Y. Wang, Y. Liu, Z. Yu, Y. Qi, Z. Lu and L. Ma (2020). "Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen." Genome Biol 21(1): 136.

7. Chen, Q. Y., Y. N. Li, X. Y. Wang, X. Zhang, Y. Hu, L. Li, D. Q. Suo, K. Ni, Z. Li, J. R. Zhan, T. T. Zeng, Y. H. Zhu, Y. Li, L. J. Ma# and X. Y. Guan# (2020). "Tumor Fibroblast-Derived FGF2 Regulates Expression of SPRY1 in Esophageal Tumor-Infiltrating T Cells and Plays a Role in T-cell Exhaustion." Cancer Res 80(24): 5583-5596.

8. Ni, K. and L. Ma (2020). Molecular biology techniques for endometrial gene expression: recent technological advances. Endometrial Gene Expression. J. Kwak-Kim, Springer Nature: 33-50. (Book Chapter)

完整文章列表:https://scholar.google.com/citations?user=L3jQVIQAAAAJ&hl=en


联系方式

  电子邮箱:malijia@westlake.edu.cn
  招聘链接:

1. 博士后

https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/202112/t20211221_17133.shtml

2. 科研助理

https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/202109/t20210922_12891.shtml