个人简介

　　马丽佳，西湖大学生命科学学院特聘研究员，博士生导师。2003年本科毕业于苏州大学医学院。2009年于中国科学院北京基因组研究所获得博士学位，研究方向基因组学与生物信息学，期间在华大基因负责多项大型基因组学研究项目。2009年8月至12月于中国科学院遗传与发育生物学研究所短期访问。2010年至2014年在芝加哥大学基因组学与系统生物学研究所进行博士后研究。2014年12月晋升为Staff Scientist，其后作为co-Principal Investigator参与美国国立卫生研究院ENCODE项目和Model Organism ENCODE项目。2018年入职西湖大学。

学术成果

　　马丽佳博士长期从事系统生物学和功能基因组学研究工作。以顺式调控元件（cis-elements）和反式作用因子（trans-regulator）等转录水平调控、mRNA修饰与定位等转录后水平调控为切入点，使用高通量实验技术（如功能基因组学），结合计算生物学和机器学习，通过对生物学过程的数字化描述和分析来理解基因组的解码过程。

目前，马丽佳实验室开展Genome Interpret和Genome Manipulation两个方向的研究。在Genome Interpret方向，开发基因组序列解析方法，将高通量实验数据用于深度学习建模，研究人类基因组序列如何在不同时空环境下被解码以实现细胞功能多样性。在Genome Manipulation方向，开发新一代基因治疗技术，围绕基因治疗靶点发现、基因编辑工具开发、治疗载体设计（payload design）、药物递送系统（delivery system）开发等问题开展研究，探索高效、安全、可及的基因与细胞治疗方法。

代表论文

通讯作者和共同通讯作者论文(#共同通讯)

1．Y. Liu*, Z. Lu*, P. Wu*, Z. Liang, Z. Yu, K. Ni , L. Ma^# (2024). “The Transpeptidase Sortase A Binds Nucleic Acids and Mediates Mammalian Cell Labeling.” Advanced Science : e2305605.

2．H. Chen, Z. Lu and L. Ma^# (2024). “A top variant identification pipeline for protein engineering.” Cell Systems 15(2): 105-106.

3．J. Li*, P. Wu*, Z. Cao, G. Huang, Z. Lu, J. Yan, H. Zhang, Y. Zhou, R. Liu, H. Chen, L. Ma^# and M. Luo^# (2024).“Machine learning-based prediction models to guide the selection of Cas9 variants for efficient gene editing.” Cell Reports 43 (2): 113765.

4．H. Zhang*, J. Yan*, Z. Lu*, Y. Zhou, Q. Zhang, T. Cui, Y. Li, H. Chen and L. Ma^# (2023). “Deep sampling of gRNA in the human genome and deep-learning-informed prediction of gRNA activities.” Cell Discovery 9(1): 48.

5．Z. Yu*, Z. Lu*, J. Li*, Y. Wang*, P. Wu, Y. Li, Y. Zhou, B. Li, H. Zhang, Y. Liu and L. Ma^# (2022). “PEAC-seq adopts Prime Editor to detect CRISPR off-target and DNA translocation.” Nat Communications 13(1): 7545.

6．Z. Lu*, K. Ni*, Y. Wang*, Y. Zhou, Y. Li, J. Yan, Q. Song, M. Liu, Y. Xu, Z. Yu, T. Guo and L. Ma^# (2022). “An in-library ligation strategy and its application in CRISPR/Cas9 screening of high-order gRNA combinations.” Nucleic Acids Research 50(11): 6575-6586.

7．M. Gao*, Y. Li*, X. Shu, P. Dai, J. Cao, Y. An, T. Li, Y. Huang, F. Wang, Z. Lu, F. Meng, X, Feng, L. Ma^# and J. Liu^# (2022). “New Chromatin Run-On Reaction Enables Global Mapping of Active RNA Polymerase Locations in an Enrichment-free Manner.” ACS Chemical Biology 17(4): 768-775.

8．Q. Song*, K. Ni*, M. Liu*, Y. Li, L. Wang, Y. Wang, Y. Liu, Z. Yu, Y. Qi, Z. Lu and L. Ma^# (2020). “Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen.” Genome Biology 21(1): 136.

9．Q. Chen*, Y. Li*, X.Wang, X. Zhang, Y. Hu, L. Li, D. Suo, K. Ni, Z. Li, J. Zhan, T. Zeng, Y.Zhu, Y. Li, L. Ma^# and X. Guan^# (2020). “Tumor Fibroblast-Derived FGF2 Regulates Expression of SPRY1 in Esophageal Tumor-Infiltrating T Cells and Plays a Role in T-cell Exhaustion.” Cancer Research 80(24): 5583-5596.

10．K. Ni, and L. Ma^# (2020). “Molecular biology techniques for endometrial gene expression: recent technological advances.” Endometrial Gene Expression. Springer Nature: 33-50. (Book Chapter)

完整文章列表：https://scholar.google.com/citations?user=L3jQVIQAAAAJ&hl=en

联系方式

　　电子邮箱：malijia@westlake.edu.cn

招聘链接：

1. 博士后

https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/202112/t20211221_17133.shtml

2. 科研助理

https://www.westlake.edu.cn/Careers/OpenPositions/202109/t20210922_12891.shtml