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王寿文博士
Shou-Wen Wang, Ph.D.
计算基因组学与谱系追踪实验室
王寿文博士
Shou-Wen Wang, Ph.D.
计算基因组学与谱系追踪实验室
“让我们一起前往知识的荒原，充满激情、好奇和无畏，开辟一个美丽的新世界！”
个人简介
王寿文，2009-2013年获清华大学工程物理系本科学位，并辅修计算机专业。2013－2018年在清华大学获得物理学博士学位。2018-2022年在哈佛大学医学院系统生物学系进行博士后研究工作，主要开发单细胞谱系追踪数据的分析方法，并结合转录组与表观遗传组，进一步理解细胞分化与胚胎发育的基本规律。博士后期间获得了Damon Runyon癌症研究基金会的资助。2023年起，任西湖大学生命科学学院研究员、博士生导师，任西湖大学理学院物理系兼聘教授。
学术成果及研究方向
分裂与分化紧密联系的两个基本的生物学过程。通过细胞分裂的历史，可以更好地认识细胞的分化，并为胚胎发育、组织稳态、疾病发生等问题提供独特的视角。通过分析细胞的分裂历史（谱系），过去人们获得了许多重要的发现，包括细胞凋亡，以及不同组织中的干细胞的存在。
经典的谱系追踪方法依赖于颜色标记，通量太低,大大限制了科学前进的步伐。近十年来，单细胞基因组学的快速发展使我们可以高通量地分析细胞的谱系，又能同时获得细胞的组学状态（包括转录组与表观组）。这为系统地研究细胞的分裂与分化奠定了基础。在谱系追踪与单细胞组学结合的这个方向，王博士做了一系列工作，包括通过建模发现干细胞调控因子(2020, Nature, 第三作者)，结合细胞谱系与转录组预测细胞命运(2022, Nature Biotech, 一作+共同通讯)，开发新一代谱系追踪小鼠、单细胞多组学技术、以及相应的分析方法 (2023, Cell, 共同通讯)。
目前，谱系追踪与单细胞组学结合这个领域正处于蓬勃发展的新阶段。实验室致力于结合谱系追踪与单细胞多组学技术，深入理解细胞的命运选择，以及组织的发生、维持、病变等基本生物学问题。实验室有着深厚的数据分析与算法开发的基础。我们立足于领域的技术前沿，开发最新的分析方法，并与其他实验课题组深度合作，回答具体的生物学问题。与此同时，我们也搭建了自己的实验平台，进行多组学谱系追踪实验，并试图回答与谱系和细胞命运相关的更为一般的问题。实验室目前已有多个不同背景的团队成员，氛围融洽，学术交叉，非常适合想学习新技术、进入新领域的优秀青年！本实验室现有多个博士后，博士研究生，科研助理等岗位。欢迎计算生物学、实验生物学、物理学、计算机科学等不同学科背景的人加盟。
代表论文
* These are corresponding authors.
1, L. Li, S. Bowling, S. E. McGeary, Q. Yu, B. Lemke, K. Alcedo, Y. Jia, X. Liu, M. Ferreira, A. M. Klein, S.-W. Wang*, F. D. Camargo*, A mouse model with high clonal barcode diversity for joint lineage, transcriptomic, and epigenomic profiling in single cells, Cell (2023).
2, S.-W. Wang*, M. J. Herriges, K. Hurley, D. N. Kotton, A. M. Klein*, CoSpar identifies early cell fate biases from single cell transcriptomic and lineage information, Nat. Biotechnol. (2022).
3, A. E. Rodriguez-Fraticelli, C. S. Weinreb, S.-W. Wang, R. P. Migueles, M. Jankovic, M. Usart, A. M. Klein, S. Lowell, F. D. Camargo*, Combined single cell lineage and transcriptome sequencing reveals Tcf15 as a master regulator of hematopoietic stem cell fate, Nature 583, 585 (2020).
4, S.-W. Wang*, and L.-H. Tang*, Emergence of collective oscillations in adaptive cells, Nat. Commun. 10, 5613 (2019).
5, S.-W. Wang, A.-F. Bitbol*, N. S. Wingreen*, Revealing evolutionary constraints on proteins through sequence analysis, PLOS Comput. Biol. 15, e1007010 (2019)
6, S.-W. Wang, K. Kawaguchi, S.-i. Sasa and L.-H. Tang, Entropy production of nanosystems with time scale separation, Phys. Rev. Lett. 117, 070601 (2016).
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