个人简介

李晓弈，1991年出生于贵州贵阳，西湖大学生命科学学院、西湖基因编辑中心研究员，博士生导师。2014年本科毕业于清华大学生命科学学院生物科学专业、清华学堂生命科学实验班。2014-2021年于美国纪念斯隆凯特琳癌症中心攻读生物医学博士学位，从事小鼠遗传学工具开发。2021-2025年进入华盛顿大学基因组科学系进行博士后研究，主要关注与基因编辑、单细胞测序相关的分子生物学和遗传学技术开发。主要工作发表在Cell、Molecular Cell等期刊，并申请国际专利两项。

学术成果及研究方向

基因编辑是人类破解基因组密码的重要手段。实验室的工作主要围绕开发“读”、“写”基因组的新技术展开。

1. 探索基因组中的“暗物质”

目前，基因组中仍然存在着许多具有关键功能，但传统遗传学、基因编辑手段无法触及的区域，这些区域又称基因组中的“暗物质”（“dark matter”）。实验室将致力于开发适用于这些“暗物质”的基因编辑方法，探究其在发育和疾病发生中的关键作用。

2. 精准基因编辑方法的探索与应用

CRISPR基因编辑作为“写”的重要工具，其效率和安全性一直是科研界和医学领域的关注重点，不断优化基因编辑工具可以推动其在基础研究、疾病治疗中的应用。实验室将关注现有CRISPR精准基因编辑工具，研究基因编辑相关的表观遗传调控、DNA损伤修复，不断探索更优的编辑手段。

3. 单细胞技术开发

高通量测序是读取、解码基因组信息的关键步骤。实验室将高度依赖创新，不断探索用于解读基因调控密码的新型测序、单细胞技术。

代表论文

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^{1. Li, X.§, Chen, W., Martin, B. K., Calderon, D., Lee, C., Choi, J., Chardon, F. M., McDiarmid, T. A., Daza, R. M., Kim, H., Lalanne, J.-B., Nathans, J. F., Lee, D. S., & Shendure, J§. (2024). Chromatin context-dependent regulation and epigenetic manipulation of prime editing. Cell. https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.03.020. PMID: 38608704.}

^{2. Li, X.*, Pritykin, Y.*, Concepcion, C.P.*, Lu, Y., La Rocca, G., Zhang, M., King, B., Cook, P.J., Au, Y.W., Popow, O., et al. (2020). High-Resolution In Vivo Identification of miRNA Targets by Halo-Enhanced Ago2 Pull-Down. Mol. Cell 79, 167-179.e11. PMID: 32497496.}

^{3. Pinglay, S.§, Lalanne, J.-B., Daza, R.M., Kottapalli, S., Quaisar, F., Koeppel, J., Garge, R.K., Li, X., Lee, D.S., and Shendure, J§. (2025). Multiplex generation and single-cell analysis of structural variants in mammalian genomes. Science 387, eado5978. PMID: 39883753.}

^{4. McDiarmid, T.A.* §, Taylor, M.L.*, Chen, W., Chardon, F.M., Choi, J., Liao, H., Li, X., Kim, H., Lalanne, J.-B., Li, T., et al. (2024). Diversified, miniaturized and ancestral parts for mammalian genome engineering and molecular recording. bioRxiv, 2024.09.30.615957. https://doi.org/10.1101/2024.09.30.615957.}

^{5. Chen, W.* §, Choi, J.*, Li, X., Nathans, J.F., Martin, B., Yang, W., Hamazaki, N., Qiu, C., Lalanne, J.-B., Regalado, S., et al. (2024). Symbolic recording of signalling and cis-regulatory element activity to DNA. Nature. 10.1038/s41586-024-07706-4. PMID: 39020177.}

^{6. Shui, B., Beyett, T.S., Chen, Z., Li, X., La Rocca, G., Gazlay, W.M., Eck, M.J., Lau, K.S., Ventura, A., and Haigis, K.M§. (2023). Oncogenic K-Ras suppresses global miRNA function. Mol. Cell 83, 2509-2523.e13. PMID: 37402366.}

^{7. La Rocca, G.*, King, B.*, Shui, B., Li, X., Zhang, M., Akat, K.M., Ogrodowski, P., Mastroleo, C., Chen, K., Cavalieri, V., et al. (2021). Inducible and reversible inhibition of miRNA-mediated gene repression in vivo. Elife 10. 10.7554/eLife.70948. PMID: 34463618.}

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